当院に奉安する開運除厄妙見大菩薩は、寛文四年（1664）に、肥後之守加藤清正公の息女、瑶林院殿が夫君の紀伊国太守亜相源頼宣卿の現世安穏後生善処のために、本門寺へお納めした室町時代の御尊像です。
　 元禄2年（1689）、本門寺第22世妙悟院日玄聖人の時代に、それまで鎌倉にあった「宝筺（ほうきょう）学室」をこの地に移し、「南谷檀林」という名の僧侶の学校を作りました。その時一宇を創立してこの御尊像を安置、檀林の鎮守としました。
　 以来、全国各地から集まって南谷檀林で学ぶ僧侶が朝夕ご宝前に祈請を凝らし、帰依の近在近郷の善男善女も増加して、その霊応妙験は四隣に響き渡りました。

　明治初年に南谷檀林は廃檀となりましたが妙見堂は今に残り、例年、冬至星祭りには、終日読経の妙音が長栄山にこだまし、連なる参詣者に大変賑わいます。 毎月15日がご縁日で、参詣者は、読経唱題に行を積み法話に耳を傾けます。